Rektoskopia z reguły jest badaniem dobrze tolerowanym przez pacjenta. Pacjent przyjmuje pozycję kolankowo-łokciową z rozstawionymi kolanami. Badanie rozpoczyna się obejrzeniem okolicy odbytu Pacjenta i badaniem per rectum. Następnie końcówka rektoskopu pokrywana jest środkiem znieczulającym miejscowo. Podczas wprowadzania rektoskopu i powietrza do odbytu może wystąpić uczucie parcia na stolec. Powyższe jest zależne od indywidualnej wrażliwości Pacjenta. Wystąpienie bólu należy bezwzględne zgłosić personelowi medycznemu. Jeżeli lekarz w trakcie badania zauważy budzące podejrzenie zmiany chorobowe, pobiera materiał (bezboleśnie) do dalszego badania (histopatologicznego, cytologicznego – pod mikroskopem, mikrobiologicznego). Moment pobierania materiału nie jest odczuwany przez chorego jedynie nieznacznie wydłuża badanie. Czas trwania badania uzależniony jest od warunków anatomicznych, reakcji pacjenta oraz stwierdzanych zmian. Przeciętnie trwa od 3 do 5 minut. Powikłania zdarzają się rzadko i najczęściej polegają na przejściowych dolegliwościach bólowych bądź krwawieniu związanym z pobraniem wycinków. Nie ma żadnych przeciwwskazań do jego przeprowadzenia, dlatego może być powtarzane w krótkich odstępach czasowych i w każdym wieku.
W VIVAMED do rektoskopii używamy wyłącznie jednorazowych wzierników (tzw. tubusów).